众所周知，python文件读取文件的时候所支持的newlines（即换行符），是指定的。这一点不管是从python的doucuments上还是在python的源码中（作者是参考了python的io版本，并没有阅读C版本），都可以看出来：
if newline is not None and not isinstance(newline, str):
raise TypeError("illegal newline type: %r" % (type(newline),))
if newline not in (None, "", "\n", "\r", "\r\n"):
raise ValueError("illegal newline value: %r" % (newline,))
好吧，问题来了，如果你恰好是个苦逼的生物狗，正在用python处理所谓的fastq格式的测序结果文件，每次只读一行往往不是你想要的。Ok, 我们也都知道其实这个问题在Perl里面十分好解决，无非就是重新定义下文件的分割符（$/,The input record separator, newline by default. Set undef to read through the end of file.）
local $/; # enable "slurp" mode local $_ = <FH>; # whole file now here s/\n[ \t]+/ /g;
简单粗暴有效！《Programming Perl》开头的那些关于什么是happiness定义看来所言非虚，所以你只要需要将$/定义为fastq格式的分隔符就ok了。
但是，如果是Python呢？（容易钻牛角尖的孩纸，又或者是不喜欢花括号的孩子…..反正就是强行高端了）。终于要进入正题了，OK，在python中又有两种方式解决这个问题，看你个人喜好选择了（当然要是有大神知道四种、五种方法，也不妨指导一下我这个小菜鸟）。
方案一的代码：
import _pyio
import io
import functools
class MyTextWrapper(_pyio.TextIOWrapper):
def readrecod(self, sep):
readnl, self._readnl = self._readnl, sep
self._readtranslate = False
self._readuniversal = False
try:
return self.readline()
finally:
self._readnl = readnl
#class MyTextWrapper(_pyio.TextIOWrapper):
# def __init__(self, *args, separator, **kwargs):
# super().__init__(*args,**kwargs)
# self._readnl = separator
# self._readtranslate = False
# self._readuniversal = False
# print("{}:\t{}".format(self,self._readnl))
f = io.open('data',mode='rt')
#f = MyTextWrapper(f.detach(),separator = '>')
#print(f._readnl)
f = MyTextWrapper(f.detach())
records=iter(functools.partial(f.readrecod, '>'), '')
for r in records:
print(r.strip('>'))
print("###")
Ok，这是Python3.x中的方法（亲测），那么在Python2.x中需要改动的地方，目测好像是（没有亲测）
super(MyTextWrapper,self).__init__(*args,**kwargs)
这个方法看上去还是比较elegant，但是efficient 吗？答案恐怕并不，毕竟放弃了C模块的速度优势，但是OOP写起来还是比较舒服的。对了值得指出的Python的I/本文来源gaodai#ma#com搞*!代#%^码网5O是一个layer一个layer的累加起来的。从这里我们就能看出来。当然里面的继承关系还是值得研究一下的，从最开始的IOBase一直到最后的TextIOWrapper,这里面的故事，还是要看一看的。
方案二的代码：
#!/usr/bin/env python
def delimited(file, delimiter = '\n', bufsize = 4096):
buf = ''
while True:
newbuf = file.read(bufsize)
if not newbuf:
yield buf
return
buf += newbuf
lines = buf.split(delimiter)
for line in lines[:-1]:
yield line
buf = lines[-1]
with open('data', 'rt') as f:
lines = delimited(f, '>', bufsize = 1)
for line in lines:
print line,
print '######'
Ok,这里用到了所谓的generator函数，优雅程度也还行，至于效率么，请自行比较和测试吧（毕竟好多生物程序猿是不关心效率的…..)。如此一来，比Perl多敲了好多代码，唉，怀念Perl的时代啊，简单粗暴有效，就是幸福的哲学么。
转载请注明原文链接：使用Python文件读写,自定义分隔符(custom delimiter)
